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曹縣醫院廢水中含有大量的病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒，如蛔蟲卵、肝炎病毒、結核菌和痢疾菌等，及糞便、傳染性細菌和病毒等病原性微生物；且污水中含有酸、堿、懸浮固體、BOD、COD和動植物油等有毒、有害物質。牙科治療、洗印和化驗等過程產生污水含有重金屬、消毒劑、有機溶劑等，部分具有致癌、致畸或致突變性，危害人體健康并對環境有長遠影響。

污水首先經過細格柵去除大的漂浮物、懸浮物，然后自流進入調節池，在調節池調節水量水質，確保后續工藝的穩定運行。  調節池中的水通過污水泵提升進入水解酸化池，水解酸化池池底設布水系統可有效提高水解酸化的效果，在降低有機污染物的同時提高醫院污水的可生化性，然后自流入生物接觸氧化池，利用曝氣充氧進行好氧處理，處理后的污水，經沉淀池沉淀分離污泥后，上清液經過泵進入到活性炭過濾罐，進一步去除懸浮物等，最后進入到接觸消毒池，通過投加消毒劑，接觸消毒后的污水排入市政管網，沉淀污泥排至污泥儲池。